Tujuan 6 TPB adalah menjamin ketersediaan serta pengelolaan air bersih dan sanitasi yang berkelanjutan untuk semua. Dalam rangka mencapai tujuan air bersih dan sanitasi layak pada tahun 2030, ditetapkan 8 target yang diukur melalui 40 indikator. Target-target tersebut terdiri dari akses terhadap air minum layak, akses terhadap sanitasi layak, kualitas air dan limbah, serta pemanfaatan, pengelolaan dan pelestarian sumber daya air. Upaya-upaya yang dilakukan untuk mencapai target-target tersebut dijabarkan pada kebijakan, program dan kegiatan yang akan dilakukan oleh pemerintah maupun organisasi nonpemerintah

Untuk mewujudkan Tujuan 6 Air Bersih dan Sanitasi Layak, Pemerintah Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta menetapkan Strategi: (1) Menjamin ketahanan air melalui peningkatan pengetahuan, perubahan sikap dan perilaku dalam pemanfaatan air minum dan pengelolaan sanitasi, (2) Penyediaan infrastruktur produktif dan manajemen layanan melalui penerapan manajemen aset baik di perencanaan, penganggaran, dan investasi, (3) Penyelenggaraan sinergi air minum dan sanitasi yang dilakukan di tingkat nasional, provinsi, kabupaten/kota, dan masyarakat, (4) Peningkatan efektifitas dan efisiensi pendanaan infrastruktur air minum dan sanitasi, (5) Meningkatkan peran rencana tata ruang sebagai pedoman dalam pemanfaatan ruang provinsi, (6) Meningkatkan penyediaan dan kualitas layanan infrastruktur strategis.

Kebijakan Tujuan 6. Arah kebijakan untuk mencapai target Menjamin ketersediaan serta pengelolaan air bersih dan sanitasi yang berkelanjutan untuk semua adalah: (1) Percepatan Penyusunan Rencana Rinci Tata Ruang Kabupaten/Kota untuk dievaluasi oleh gubernur, (2) Penyusunan petunjuk pelaksanaan pemanfaatan ruang dan fasilitasi upaya ketaatan terhadap rencana rata ruang, (3) Percepatan pembangunan infrastruktur sumber air, melalui penyelesaian hambatan perijinan, pembiayaan, penyediaan lahan dan penanggulangan masalah sosial, (4) Perbaikan sistem monitoring hidrologis dan kualitas air serta sistem informasi sumber daya air, (5) Peningkatan pengelolaan infrastruktur sumber air, melalui operasional dan pemeliharaan infrastruktur sumber air guna mengembalikan fungsi & kapasitas tampungannya, (6) Pengembangan metode pengelolaan sumber daya air berdasarkan prinsip zonasi pemanfaatan dan konservasi secara adaptif dengan menyeimbangkan pertimbangan ekonomi dan ekologis secara berkelanjutan, (7) Peningkatan layanan jaringan irigasi untuk mendukung ketahanan pangan melalui Pengembangan dan Pengelolaan Sistem Irigasi Partisipatif (PPSIP), (9) Percepatan pembangunan & rehabilitasi infrastruktur pengendalian banjir untuk melindungi prasarana umum dan kawasan produktif.

Berdasarkan target dan arah kebijakan yang disusun dalam rangka pencapaian Tujuan 6 TPB, program yang akan dilaksanakan DIY mencakup (1) Program Pengendalian Pencemaran dan Kerusakan Lingkungan Hidup (2) Peningkatan Penduduk Berakses Air Bersih Layak (3) Penyediaan Tempat Tinggal yang Layak dengan prioritas masyarakat berpenghasilan rendah.